A rácsmodell. Szabadenergia-felületek.

1. A spinüveg-modell
2. A rácsmodellek típusai
3. A rácsmodellek előnyei és hátrányai
4. A rácsmodellek elemzése
5. Egyszerű rácsmodellek
6. Rácsmodellek natív állapotai
7. Oldalláncok
8. Rácsmodellek felgombolyítása
9. Szabadenergia-felületek
10. A rácsmodellek következtetései

A spinüveg-modell

(Bryngelson és Wolynes 1987)


A rácsmodellek típusai

Rácsmodell: "önelkerülő" gyöngysor, rácspontokon

lmtip.gif_(28k)

A: 2D HP modell, B: 3D HP modell, C: Perturbált heteropolimer modell, kétbetűs kóddal

dill.jpg_(6.4k)eugene.jpg_(7.2k)
Ken Dill (UCSF)Eugene Shakhnovich (Harvard)

A rácsmodellek előnyei és hátrányai

Előnyök

Hátrányok


A rácsmodellek elemzése


Egyszerű rácsmodellek

Négytagú játékmodell

ttmsem.gif_(5.1k)

A: energiaszintek, B: állapotok, C: h kontaktushoz tartozó állapotok száma, g(h)

Hattagú játékmodell

htmsem.gif_(9.0k)

A: energiaszintek, B: néhány állapot (nem az összes!), C: állapotsűrűség-függvény

Húsztagú modellek

A szekvenciától függően sokféle viselkedés:

cvk.gif_(18k)

A: natív részarány, B: hőkapacitás, epszilon/kT függvényében, C: a modellek natív állapotai (legmélyebb energiaszint)


Rácsmodellek natív állapotai

Egyetlen natív állapottal rendelkező szekvenciák tervezése


Oldalláncok

Mi az oldalláncok szerepe a natív szerkezet specificitásának meghatározásában?


Rácsmodellek felgombolyítása


Mutációk hatása a felgombolyodásra

Hogyan hat egy H-->P mutáció a felgombolyodás sebességére?

Két azonos natív szerkezetű, csak egy elemben eltérő HP modellben mutációt végzünk (az eltérő elemtől távol):

hpmut.gif_(25k)

Tehát ugyanolyan típusú mutáció lassíthatja vagy gyorsíthatja is a felgombolyodást, ahogy a valódi fehérjéknél is.


Szabadenergia-felületek

Rácsmodellek Monte Carlo szimulációiból számítható a szabadenergia:

F=E-TS

ahol E az energia (a kontaktusok számából), S az entrópia (az adott energiájú állapotok számából számítható).

A szabadenergiát megfelelő mennyiségek mint koordináták függvényében ábrázolva szemléletes felületek adódnak. Ilyen mennyiségek pl.:

Egy 27 elemű rácsmodell szabadenergia-felülete

27mer.gif (24k)

A szimuláció menete ezen a felületen szemléltethető:

A lizozim szabadenergia-felülete

A lizozim felgombolyodásának menete kísérletből ismert. Ennek alapján szerkeszthető egy hipotetikus energiafelület, melynek koordinátái: Qalfa és Qbéta: a natív kontaktusok száma az alfa, ill. béta doménben. A felület:

lizo.gif (21k)

Egy 125 elemű rácsmodell szabadenergia-felülete

125mer.gif (32k)